由于使用的需求不同，智能霉菌培養箱在使用時必須要設置各種不同的參數，常見的包括溫度的設定以及運行參數的設置，對于老用戶這種操作當然不在話下了，但對于新手在這里有必要普及一下：
 

　　溫度及其參數設定：

　　開機后，系統進入主監控畫面，按“停止/運行”鍵5秒啟動運行或停止運行，按“查詢/移位”鍵查詢設定值。自整定功能：在壓縮機常開，平衡模式下，如果溫度濕度控制不理想，請起動溫度濕度自整定。長按“減少”鍵啟動溫度PID自整定。

　　運行參數的設置方式：

　　在主界面按“設定”鍵，進入菜單，通過方向鍵選擇“運行參數”后按“設定”鍵進入編輯界面，每修改好一個參數后自動切換到下一個參數，若工作組設置為該組時將按照該工作組運行，按當前段時間設為0時表示后一段程序，退出編輯。白天黑夜模式時固定為兩段結束。第二段設為0表示該組為定值運行模式。長按“設定”鍵返回主監控畫面。用戶參數、溫度參數、系統參數設置在菜單界面選擇相應目錄，按“設定”鍵進入，系統參數需錄入密碼。

　　時間設定：

　　按一下溫度/時間鍵，儀表的時間設定指示燈開始閃亮。按一下設定鍵就進入到TV狀態，設定顯示窗的三個數字中有一個數字開始閃爍，再按移位鍵（＜）將閃爍數位移至所需設定的數位，然后按∨或∧鍵即可來設定所需的時間設定值，直到所需時間（最小值1h），最后再按一下設定鍵將所需要的設定值存入單片機，此時左顯示窗顯示實際的測量時間，右顯示窗則顯示所需要的設定時間。